As violações aos direitos humanos nos presídios do estado estão no cerne da onda de violência que iniciaram os ataques contra prédios públicos, comércios, veículos públicos e privados. Ao todo, foram mais de 300 ataques no estado desde o inicio da violência desde o dia 14 até sábado (25).

As autoridades locais dizem que os ataques foram realizados pela facção criminosa que atua no estado conhecida como Sindicato do Crime. A facção Sindicato do Crime foi formada em 2012 por dissidentes do PCC (Primeiro Comando da Capital), organização criminosa que atua dentro e fora dos presídios paulistas.

O órgão federal Mecanismo Nacional de Prevenção e Combate à Tortura (MNPCT) produziu um relatório que denuncia condições em presídios. O documento cita tortura por parte de policiais penais, castigos físicos, hiperlotação em dois presídios vistoriados, comida estragada, subnutrição dos presos, tuberculose e surtos de dermatite.